1954 жылы Қазақстан компартиясының ОК басшылығы ауыстырылады. П.К.Пономаренко - бірінші хатшы, Л. И. Брежнев – екінші хатшы болады. Олар 1951 жылғы Сәтбаевты айыптаған істі қарастырып, ғалымды жазықсыз деп тапты.

1955 жылы маусымда Қаныш Имантайұлы Қазақ КСР Ғылым академиясының президенті болып қайтадан сайланады. 1956 жылы ол Қазақстанның КП ОК мүшесі болып тағайындалды.

1956 жылы ақпанда, алтыншы бес жылдық аясында, республика алдында астықты бес есе көбейту, сонымен қатар өндірісті дамытуды тездету тапсырмасы тұрды. Тапсырманы жүзеге асыру мақсатында, Қаныш Сәтбаев ғылымның маңызды салалары бойынша жоспар жұмысын құрастырды. Қойылған тапсырманы орындауды тиімді бақылау үшін ҚазКСР ҒА өндірістік күшін игеру үшін Одақ құрылған. Қысқа мерзiмде республиканың табиғи қорларын зерттеу және оларды қолданудың тиiмдi әдiстерiн өңдеу бойынша ғылыми зерттеулердiң үлкен көлемi орындалған. 1957 жылы Сәтбаев тың және тыңайған жерлерді игеруде Қаз КСР ҒА жұмылдырғаны үшін Ленин орденімен үшінші рет марапатталады.

Сонау 1940 жылдардың соңында ғалымдар Орталық Қазақстанда су тапшылығы мәселесінің маңыздылығын аңғарған. Қазақстан аумағы арқылы 2174 өзен ағады, олардың ішінде суы мол Ертіс, Ишим, Орал, Сырдария, Іле және басқалары. Алайда, Орталық Қазақстанның үлесіне өзен суының 5,5 пайыз ғана келген. 1949 жылы, ҚазКСР ҒА көшпелі сессиясында, Ш.Шөкин Ертістің суын Орталық Қазақстанға құятын, канал салуды ұсынады. Оның идеясын Қ.И. Сәтбаев және сессияға қатысқан академик И. П. Бардин қабылдайды.

Сәтбаев кейiннен каналдың жобалауының алға басуына барынша мүмкiндiк туғызады, Кеңес Одағының жоғарғы инстанцияларында оның құрылысын негiздейдi. 1959 жылдың жазында Қаныш Сәтбаев КСРО мемлекеттiк жоспарының төрағасы А. Н. Косыгинның алдында канал құрылысының қажеттiлiгiн дәлелдейдi және жетi жылда оның салынып іске қосылуына қол жеткiзедi.

1958 жылы Қаныш Имантайұлы КСРО Жоғарғы Кеңесінің бесінші шақырылған сессиясында депутаты болып сайланды. 1959 жылы КОКП XXI съезінде делегат, 1961 жылы - КОКП XXII съезінде делегат болып сайланады. Сол 1961 жылы Сәтбаев КСРО ҒА Президиумының мүшесі болып сайланады.

1962 жылы ҒА Сәтбаевқа Социалистік Еңбек Ері атағын беруге Қазақстан КСР және КСРО ҒА Президиумы сөз сөйлейді, бірақ Қазақстанның КП ОК 1-ші хатшысы Д.А. Қонаев атақты беруден бас тартты. 1962 жылы Сәтбаев КСРО Кеңес Одағының Жоғарғы Кеңесінің алтыншы шақырылған сессиясында депутат және төраға орынбасары болып сайланады. 1963 жылы Қаныш Имантайұлы геология ғылымының дамуына қосқан үлесі үшін Ленин орденімен 4-ші рет марапатталды.

1964 жылы 31 қаңтар күні Мәскеудің Кунцево деген орманды аймағына орналасқан Кремль ауруханасында Қаныш Имантайұлының жүрегі соғуын тоқтатады. Алматы қаласының Орталық зиратында 3 ақпанда жерленген. Бейiтте 1968 жылы мүсiншi А.П.Антроптың, сәулетшi Н.А.Простаковтың ескерткiшi орнатылған.