1946 ж. соңында ҚазКСР ҒА әдебиет және тіл Инситутының қызметін тексеру үшін Қазақстан КП ОК комиссиясы құрылады. Комиссияның шешімімен ұлтшыл сипаттың бұрмалаулары және бұрынғы көптеген қайраткерлердің шығармаларын бағалауда институтта өрескел саяси қате жіберілген.

Келесі жылдары Ғылым академиясында комиссия қаптайды және биологиялық бағыттағы ғылыми мекемені тексерді. Сонымен қатар Академия «Дәрігерлер ісі» аясында ірі тексерулерге ұшырайды. 1951 жылы ғалымдар Х. Д. Жумалиев, Е. Исмаиловты, жазушы М. О. Әуезовты және композитор А. К. Жубановты ұлтшылдыққа айыптаған. Қаныш Сәтбаевқа осы адамдарды жұмыстан босату қажеттілігі туралы айтылған. Қаныш Сәтбаев «Менің жауабым: мен басқарып тұрғанда, маған сеніп тапсырылған ғылыми мекемелерді, негізсіз тазартуға келісімімді бермеймін». Сол 1951 жылы өткір сынға Сәтбаевтың өзі де ұшырады. Оны партияға кіргенде әлеуметтiк тектi жасырғаны үшін, ұлтшылдарды қамқорлығына алғаны үшін және 1917 жылы "Алаш-Орда" партиясына үгітші болғанын жасырып қалғаны үшін айыптады. Сонан соң Қазақстанның КП ОК Бюросы өзінің шешімімен 1951 жылы 23 қарашада оны ҚазКСР ҒА мүшелігінен және президент орнынан алып тастайды. Көп кешікпей ҚазКСР ҒА геология институтының директоры міндетінен босатылғаны белгілі болады.

Наразы халық жоғарғы жаққа шағым жазады, соның салдарынан институтта тексерулер және әртүрлі комиссиялар қатыса бастайды. ҚазКСР ҒА басқармасының қолдауымен директорлық қызметін сақтап калады.