Қаныш Сәтбаев Қазақстанда Ғылым академиясын құру туралы 1944 жылы ойлаған. Сол жылдың тамыз айынан бастап дайындық шаралары басталады. КОКП ОК ғылыми бөлімімен хат алысу белсенді жүреді. Қ.И. Сәтбаев КСРО ғылым академиясында және КОКП ОК ғылыми бөлімінде, КСРО ҒА филиалдары мен Кеңес базасында ҚазКСР Ғылым академиясын ұйымдастыру қажеттілігін дәлелдеу мақсатында, Мәскеуге үнемі іс-сапарға барып тұрды. 1944 жылдан 1946 жылдар аралығында 11 жаңа ғылыми-зерттеу институттары құрылды. Сонымен қатар болашақ академияның басты ғимаратының жобасы жасалды, авторы архитектор А. В. Щусев болды.

1946 жылдың 1-маусымында Абай атындағы опера және балет театры ғимаратында ҚазКСР Ғылым академиясының ресми ашылу салтанаты өтті. Екі күннен кейін, 3 маусымда ҚазКСР Жоғарғы Кеңес Президиумының мәжіліс залында өткен, Академияның бірінші жалпы жиналысында, Қаныш Сәтбаев академияның академигі және президенті болып тағайындалады. Сол жылы Сәтбаев КСРО Жоғарғы Кеңесінің 2-ші шақырылған сессиясында депутат және КСРО Ғылым академиясының академигі болып сайланады. 1947 жылы ол КСРО Кеңес министрлігінде Мемлекеттік және Ленин сыйлығы бойынша Президиум комитетінің мүшесі болып сайланды. 1949 жылы Қаныш Имантайұлы Қазақстанның КП ОК(б) мүшесі болып сайланады. 1950 жылы «геология» мамандығы бойынша профессор ғылыми атағы бекітілді және КСРО Жоғарғы Кеңесінің 3-ші шақырылған сессиясында депутат болып сайланды. 1951 жылы Сатбаев, КСРО ҒА Президиумының тапсырмасы бойынша, Тәжік КСР ҒА ұйымдастырған сессиясына қатысты. Осы сессияда Қаныш Имантайұлы тәжік академиясының құрметті мүшесі болып тағайындалды.