1941 жылы, Қазақстанның КП ОК 2-ші хатшысы Ж. Шаяхметованың бастамасы бойынша, Қаныш Сәтбаев Алматыға жұмысқа ауысқан. Ол геологиялық ғылымдар Институтының директоры және (КСРО ҚазҒАФ) КСРО қазақ ғылым академиясының филиалы Призидиумы төрағасының орынбасары болып тағайындалады. Өйткені филиалдың басшысы И.Ф Григорьев Мәскеуде тұрған және өзінің міндетін толық атқара алмағандықтан, Сәтбаев филиал төрағасының міндетін атқарушы болған.

Көп кешікпей Ұлы Отан соғысы басталғаннан кейін, 1941 жылдың тамыз айында, Кеңес одағындағы марганецтың негізгі шығатын жері, Никопольды неміс армиясы жаулап алады. Сол жылдың қараша айында Никопольдан кейінгі екінші, Чиатурск кен шығатын жерге теміржол жолы қиылды. Бұл КСРО-да марганец шығаруды толықтай тоқтатады, осы екі орын Кеңес одағының марганец кенінің 91,6 пайызын берген. Енді марганецтің жаңа жерлерiн iздестiру туралы дағдарыстық мәселе қойылды. Қаныш Сәтбаев 1928 жылы Жезқазған облысынан марганецты байқаған. Осыны еске түсіріп, марганецтің бар болуына зерттеу жасау мақсатында, геологиялық барлау отрядын ұйымдастырған. Оның тапсырмасымен алдын ала есептеулер қысқа мерзімде құрастырылды және қара металлургияның халық комитетіне жіберілді. 1941 жылы күзде И. Ф. Тевосяннің қара металлургияның халық комитетінен Жездіге комиссия келеді.

Сәтбаев аурып қалуына байланысты, комиссия жұмысына қатыса алмайды. Жерді бірнеше күн зерттегеннен кейін, комиссия мынадай қорытындыға келеді, «Жездіде марганец бар, бірақ оны іздеп өңірді барлау керек». Әйтсе де, Сәтбаев Қазақстанның КП ОК-де кенішті ашу туралы сұрақтың көтерілуіне қол жеткізді. Қазақстан басшылығы Қаныш Имантайұлының әділдігін мақұлдайды. Ол өзінің шешімін МҚО хабарлады, өз кезегінде, елдегі марганецтің жеткіліксіздігін есепке ала отырып, Жездіде кешенді салуды және кенді Орал заводтарына таратуды бастауды тапсырды. Тапсырма қырық күннің ішінде орындалды, және 1942 жылдың 12 маусымында Жезді кешені марганец бере бастайды. Бұл күн кенiштiң ресми туған күнi болып есептеледi. 1943 жылы кеніш 70,9 пайыз марганец кенін берген.

1942 жылы Сәтбаевқа «Жезқазған ауданының кеніш орындары» монографиясы үшін Сталин сыйлығы ұйғарылды. Сонымен бірге, сол уақытты Қаныш Сәтбаевтің қырықтан аса ғылыми жұмыстары жарияланған. 1942 жылдың 17 тамызында Жоғарғы аттестациялық комиссия геологқа геология-минералогия ғылымдарының докторы дәрежесін береді. 1943 жылдың жазында Қаныш Имантайұлы КСРО ҒА корреспондент-мүшесі болып сайланды және КСРО ҚазҒАФ Президиумының төрағасы қызметіне бекітілді. Сол жылы Қаныш Сәтбаев өзіне жас инженер Ш.Ч. Шөкинді ұйымдастырылған энергетика секторының меңгерушісі қызметіне шақырады. Соңынан Шөкин ірі ғалым және Қаныш Имантайұлының жақын серіктесі болады.

Сол жылы Сатбаев, Фрузен райком партиясының бірінші хатшысының кеңесі бойынша, Коммунистік партияға кіруге өтініш береді. 1944 жылы ЖКП(б) мүшесінің билеті берілді. Сол жылы ҚазКСР Жоғарғы Кеңесінің Президиумы Сәтбаевқа «Қазақ КСР ғылымға еңбегi сіңген қайраткер» атағы беріледі.

1945 жылы, КСРО ҚазҒАФ қарқынды дамуын ескеріп, Сәтбаев екінші Ленин орденімен марапатталады. Сонымен қатар ол 2-ші дәрежелі Ұлы Отан соғысының орденіне лайықты болды.