Ғылыми зерттеу мен ғылыми кадрларды тәрбиелеуден басқа, Қаныш Сәтбаев Қазақстан ғылымының ірі ұйымдастырушы атағын алды.

Соғыс кезінде, қауіпсіздік мақсатында, ғылымның әртүрлі облыстарынан көптеген ғалымдармен бірге КСРО Ғылым академиясы Төралқасы Алматыға көшірілді. Қаныш Сәтбаев берілген мүмкіндікті қолдана отырып, көшірілген ғалымдарды Қазақ КСРО Ғылым академиясы қызметіне қосты. Нәтижесінде аз уақыт ішінде филиал үлкен ғылыми орталыққа айналды. 1941 жылы КСРО Ғылым академиясының Қазақ Төралқа филиалының төрағаның м. а. болып тағайындаған кезде, Қазақ КСРО Ғылым академиясы 100 ғылыми қызметкерлерден тұратын, олардың ішінде 14 ғалым кандидаттары, және үшеуі – доктор.

Бірақ 1945 жылы КСРО Ғылым академиясы 500 ғылыми қызметкерлерді санап шықты, олардың арасында 18 ғылыми доктор және 44 кандидат. Бес жылдан кейін Қазақ КСРО Ғылым академиясының басқарушы қызметіне Сәтбаевті тағайындаған кезде, 1946 жылы кішкентай филиал Қазақ КСР Ғылым академиясы болды. 1964 жылға дейін Қазақ КСР Ғылым академиясы КСРО-дағы ең үлкен республикалық академиялардың бірі болды.

1941-1964 жылдары Сәтбаевпен басқарылған геология ғылымдарының институты республиканың геология ғылымының даму орталығына айналды. Ұлы Отан соғысының соңында, оның негіздеуіне 4 жыл өткеннен кейін, институт елдегі геология профилінің үлкен ғылыми ұйымдардың бірі болды. 1943 жылы 5 қазаннан бастап КСРО Ғылым академиясы бөлімінің геология-географиялық бюро қаулысы хабарлайды.